L'IRFEC (Institut régional pour le Recrutement et la Formation de l'Enseignement Catholique) est né de la fusion entre deux organismes de formation : le CFP, Centre de Formation Pédagogique, et l'ACES, Association Catholique pour les Enseignants du Second degré.

Le CFP, initialement installé rue Bellegarde, assurait la formation initiale des professeurs des écoles. L'ACES, dont les locaux étaient situés rue de la Fonderie et rue de l'Aude, assurait la formation continue des enseignants et des personnels des collèges et des lycées. Depuis l'institution du Cafep en 1993, l'ACES formait également les futurs professeurs de collège, lycée et lycée professionnel, en convention avec l'IUFM.

Le 1er septembre 2002, l'IRFEC a ouvert ses portes au 20 bis de la rue des Fleurs. Comme la plupart des organismes de formation, l'IRFEC est régi par une Association loi 1901 appelée ACFEP : Association Catholique pour la Formation des Enseignants et des Personnels du 1er et du 2nd degré.

En 2006, l'IRFEC est reconnu Institut Missionné par le Secrétariat Géneral de l'Enseignement Catholique (SGEC).

En février 2009, en application de la Charte de la formation, le "R" d' IRFEC ne signifie plus Recrutement mais Recherche.

En mars 2010, pour respecter les directives du SGEC, l'IRFEC devient ISFEC Midi-Pyrénées (Institut Supérieur de Formation de l'Enseignement Catholique).