La Direction de l'ISFEC Midi-Pyrénées est assurée par Madame Claudine GAY.

Du fait de la réforme de la formation des enseignants, la formation initiale a été intégrée à l'Institut Catholique de Toulouse. L'ISFEC recentre sa mission sur la formation continue dès l'année de stage des lauréats concours.

Madame Claudine GAY, aidé sur le plan administratif par Mesdames Christine BRANCHE et Michelle BESSAGUET-DURRIEU, assure la responsabilité du Département de la Formation Continue.

Plusieurs délégations sont mises en oeuvre au sein de ce Département :
- Madame Véronique HUDE, pour la Santé et la Sécurité au Travail,
- Monsieur Michel CALVET, pour les TICE et le Multimédia et le secteur Industriel
- Mesdames Jacqueline CULETTO et Françoise HEINRICH pour les Suppléants du 2nd degré
- Madame Véronique DESPICQ pour l'A.S.H.
- Madame Corinne MAZZILLI pour les Langues vivantes (CERCL)

L'organisation de la Formation des Formateurs est assurée Claudine GAY (le Diplôme Universitaire de Formateurs d'Enseignants et le Titre de Formateur d'Enseignants et de Cadres  Supérieurs  Pédagogiques).

Un Département de la Recherche a été créé. Les domaines d'études propres à l'ISFEC sont orientés vers le socle commun des connaissances et des compétences et vers la transversalité. Une équipe de recherche émergeante en didactique et médiation (ERDIEM), en lien avec l'Institut Catholique de Toulouse, est sous la responsabilité de Madame Bozena BILLEREY et de Mademoiselle Laetitia CARRIO.

Monsieur Nestor AZIABA est en charge du service de la comptabilité.

Monsieur Thierry PUJOS est en charge du centre de documentation.

Mademoiselle Virginie ELEFTHERIOU est en charge de l'accueil.

Un nombre important de formateurs permanents ou vacataires interviennent dans les différentes formations.