La Direction de l'IRFEC est assurée par Madame Hélène GAZEAUD.

Quatres départements principaux se répartissent les formations :

Mademoiselle Laetitia CARRIO, aidée sur le plan administratif par Mesdames Sylvie BERT et Christine MOULY, assure la responsabilité des Départements de la Formation Initiale (PE2, PLC2, Stagiaires en situation) et de la Formation Universitaire, en lien avec l'Institut Catholique de Toulouse (Master Parcours Enseignement et Formation, Diplôme Universitaire et Titre de Formateurs d'Enseignants et de Cadres supérieurs pédagogiques).

Madame Brigitte CHEVALLIER est déléguée à l'organisation pédagogique de la formation des PE2.

Madame Hélène GAZEAUD, aidé sur le plan administratif par Mesdames Christine BRANCHE et Michelle BESSAGUET-DURRIEU, assure la responsabilité du Département de la Formation Continue.

Plusieurs délégations sont mises en oeuvre au sein de ce Département :
- Madame Véronique HUDE, pour la Santé et la Sécurité au Travail,
- Monsieur Michel CALVET, pour les TICE et le Multimédia et le secteur Industriel
- Mesdames Jacqueline CULETTO et Françoise HEINRICH pour les Suppléants du 2nd degré
- Madame Véronique DESPICQ pour l'A.S.H. (pallier 1 & 2) et Madame Catherine VIGNEAUX pour l'A.S.H. (pallier 3 & 4)
- Madame Corinne MAZZILLI pour les Langues vivantes (CERCL)
- Madame Agnès CLARIA pour les Arts.

L'organisation de la Formation des Formateurs est assurée par l'équipe de Direction (Hélène GAZEAUD, Laetitia CARRIO, Eric BELLOIR).

Un Département de la Recherche a été créé. Les domaines d'études propres à l'IRFEC sont orientés vers le socle commun des connaissances et des compétences et vers la transversalité. Une équipe de recherche émergeante en didactique et médiation (ERDIEM), en lien avec l'Institut Catholique de Toulouse, est sous la responsabilité de Madame Bozena BILLEREY et de Mademoiselle Laetitia CARRIO.